Если нотариус отказал вам в выдаче свидетельства о праве на наследство, то у вас нет иного выхода, кроме обращения в суд. Но в суд вам нужно подавать не исковое заявление, а простое заявление о включении в наследственную массу и признании права собственности на земельный участок (когда документы утеряны или уничтожены, подается не исковое заявление, а заявление в порядке особого производства). Такое заявление вы должны подать в суд именно по месту нахождения участка. Вам сказали верно.

§ Пп. 6п. 2ст. 264 Гражданско-процессуального кодекса РФ

После суд должен вынести решение, на основании которого в Федеральной регистрационной службе по месту нахождения земельного участка и будет зарегистрирован сам участок.